ব্রি সদর দপ্তরে ১৯টি গবেষণা বিভাগ এবং এগারটি আঞ্চলিক কার্যালয়ের মাধ্যমে গবেষণা এবং প্রযুক্তির উন্নয়ন কার্যক্রম বাস্তবায়ন করে আসছে। যেসব বার্ষিক গবেষণা কর্মসূচি সমস্যাযুক্ত মনে হয়, সেসব কর্মসূচি নিয়ে ব্রি সদর দপ্তর এবং আঞ্চলিক কার্যালয়ের সকল পর্যায়ের বিজ্ঞানীদের সংযুক্ত করা হয়। সাতটি  কর্মসূচি এলাকায় ব্রি'র গবেষণার আয়োজন করা হয়। প্রতিটি কর্মসূচি এলাকায় এক বা তারও অধিক গবেষণা বিভাগ কর্মসূচি সম্পাদন করে থাকে।  গবেষণা বিভাগ যেসব কর্মসূচি সঙ্গে সংশ্লিষ্ট তা উল্লেখ করা হলো-

নিন্মে উল্লিখিত তিনটি ধাপে বার্ষিক গবেষণা কর্মসূচি  প্রণয়ন এবং চূড়ান্ত হয়-
১. বিভাগীয় প্রধানের নেতৃত্বে বিজ্ঞানীদের বিভাগীয় বিষয়ে অংশ নেন।
২. গবেষণা বিভাগের নেতৃত্বে কর্মসূচি বাস্তবায়ন অংশ কর্মসূচি এলাকায় আলোচনা করেন।
৩. কর্মসূচি কমিটি বার্ষিক গবেষণা কর্মসূচি পুনঃবিবেচনা এবং চূড়ান্ত করে থাকে। পরিচালক গবেষণার সভাপতিত্বে কর্মসূচি কমিটি কর্মসূচি এলাকার জন্য বাস্তবায়নকারী ইউনিট এবং অন্যান্য গবেষণা বিভাগের প্রধানদের অন্তর্ভূক্ত করেন।

গবেষণা কর্মসূচি চূড়ান্তকরণের পরে বাস্তবায়নকারী ইউনিট  কর্মসূচিটি সদর দপ্তর এবং সংশ্লিষ্ট আঞ্চলিক কেন্দ্রের মাধ্যমে বাস্তবায়ন করে। অনুমোদিত কর্মসূচিটি মহাপরিচালক, পরিচালক (গবেষণা) এবং গবেষণা বিভাগের প্রধানদের তদারকিতে পরিকল্পনা অনুযায়ী সম্পাদন করা হয়। সম্পাদিত গবেষণার ফলাফল পরে বার্ষিক অভ্যন্তরীণ পুনঃআলোচনা সভায় ব্রি'র সকল বিজ্ঞানী, সংশ্লিষ্ট  অন্যান্য প্রতিষ্ঠানের বিশেষজ্ঞদের উপস্থিতিতে উপস্থাপন করা হয়। ব্রি'র সকল গবেষণা কার্যাবলীর প্রধান সমন্বয়কারী হলেন পরিচালক (গবেষণা)। তাকে সহযোগিতা করেন উচ্চ শিক্ষা এবং গবেষণা সমন্বয়কারী (সিএএসআর)।